Владимир Стојковић (Лозница, 28. јул 1983.) је српски фудбалски голман који је играч Спортинга из Лисабона, али је тренутно на позајмици у Виган атлетику.
Почео је да брани у родној Лозници за истоимену екипу. Са 17 година је прешао у Црвену звезду. Тада је први голман Црвене звезде био Владимир Дишљенковић, па Стојковић није успео да се избори за место у тиму. Бранио је само на једној званичној утакмици, пре него што је отишао на шестомесечну позајмицу у Леотар из Требиња. Након истека позајмице, отишао је у Земун у којем је провео две сезоне.
Након што је Владимир Дишљенковић, лета 2005. отишао у украјински Металург из Доњецка, Стојковић се вратио у Црвену звезду. Тадашњи тренер, Валтер Зенга је чешће на почетку сезоне указивао шансу искуснијем Ивану Ранђеловићу. Током сезоне Стојковић се изборио за место стандардног чувара мреже. Најбољу утакмицу сезоне Стојковић је одиграо против Роме када је одбранио једанестерац Антонију Касану. Те сезоне је Звезда освојила дуплу круну, али у уткмици финала купа против ОФК Београда, Стојковић није бранио. Према гласинама, пред сам почетак меча је дошао у сукоб са тадашњим председником Драганом Стојковићем.
Током лета 2006. године је из Црвене звезде прешао у француски Нант, уз обешећење од око 3 милиона евра. Након добрих првих неколико утакмица, форма му је знатно опала. Неколико примљених голова након његових грешака кошатале су га места у стартној постави. Након доласка Фабијана Бартеза у клуб, отишао је у холандски Витесе на позајмицу.
У португалски Спортинг је прешао 11. јула 2007. уз обештећење од 1.5 милиона евра Нанту. Стојковић је тада потписао петогодишњи уговор. Након неколико утакмица се повредио. На голу га је заменио млади Руи Патрисијо, који је искористио шансу и наствио да буде први голман и након Стојковићевог опоравка од повреде. Незадовољн тиме што није у првом плану, дошао је у сукоб са тренером Паулом Бентом, након чега је изгубио и место на клупи. Током лета 2008. појавиле су се информације да би Стојковић могао да пређе у Евертон, али од тог трансфера на крају није дошло.
У јануару 2009. одлази на позајмицу у шпански Хетафе, где је искористио повреду Аргентинца Оскара Устарија и бранио на пет мечева. Током лета 2009. појавила се могућност да се врати у Црвену звезду као позајмљен играч, заједно са саиграчем из Спортинга Миланом Пуровићем, али до договора два клуба ипак није дошло.
– За младу фудбалску репрезентацију Србије и Црне Горе је бранио на 24 утакмице;
– За сениорску репрезентацију Србије је бранио на 28 утакмица, (2006- )
Учествовао је на два Европска првенства за играче до 21 године и освојио је једну сребрну медаљу. На Европском првенству 2005. у Немачкој је са репрезентацијом стигао до финала у којем су поражени од Италије, али је Стојковић тада био резерва Николи Милојевићу и није улазио у игру. На Европском првенству 2006. у Португалу је био капитен репрезентације у одсуству суспендованог Данка Лазовића. Репрезентација је тада испала у полуфиналу, у утакмици коју је Украјина добила након извођења једанестераца.
Био је у саставу А селекције за Светско првенство 2006. на коме је био резерва Драгославу Јеврићу. Тек након доласка Хавијера Клементеа на клупу репрезентације, добио је прилику да дебитује. Било је то 16. августа 2006. када је Србија победила Чешку са 3-1 у пријатељској утакмици. Након смене Клементе, био је стандардан и код Мирослава Ђукића који га је уврстио и у састав репрезентације за Летње олимпијске игре 2008. у Пекингу. Место првог чувара мреже је задржао и код Радомира Антића, упркос томе што није први голман своје екипе.
Трофеји:
Црвена звезда
– Првенство 1
o 2006.
– Куп 1
o 2006.
Спортинг Лисабон
– Куп 1
o 2008.
– Суперкуп 1
o 2008.
Репрезентација
– Европска првенства за играче до 21 године
o Сребно 2005.